miRanda는 5가지 종에 대한 Data Base를 보여 준다 : Homo sapiens(miRNA stats: 1100), Mus musculus(717), Rattus norvegicus(387), Drosophila melanogaster(186), Caenorhabditis elegans(233)
miRNA name을 입력해서 많은 정보를 검색할 수 있다
Target이 되는 mRNA name을 입력해서 miRNA를 찾을 수 있다
Homo sapiens, Mus musculus, Rattus norvegicus에 대해서는 miRNA 발현에 관련된 조직을 선택 해 검색할 수 있다
Target이 되는 모든 유전자의 Data Base 다운로드 제공
직관적이고 심플한 디자인
miRBase는 비교적 다양한 종에 대한 Data Base를 보여 준다
miRNA name을 입력해서 많은 정보를 검색할 수 있다
Species와 염색체를 선택해서 해당 염색체를 target으로 한 miRNA의 정보를 확인할 수 있다
Species와 유전자 길이를 선택해서 선택한 유전자 길이 내에 2개 이상의 miRNA가 있는 것만 검색할 수 있다.
miRNA 발현에 관련된 조직을 선택 해 검색할 수 있다
염기서열을 입력해서 BLASTN이나 SSEARCH로 miRNA를 찾을 수 있다
Target이 되는 모든 유전자의 Data Base 다운로드 제공
miRNAMap는 곤충(2), 척추동물(9), 벌레(1)에 대한 Data Base를 보여 준다
miRNA의 이름을 입력해서 많은 정보를 확인할 수 있다
목표가 되는 mRNA의 이름을 입력해서 miRNA를 찾을 수 있다
홈페이지에서 제공하는 생물의 사진을 클린한 후 miRNAs 또는 miRNAs Targets를 선택하면 모든 자료를 확인할 수 있다
miRNAs에 대한 통계자료와 홈페이지 이용 방법에 대한 설명이 잘 되어 있다
4개의 Software와 2개의 Data base를 제공한다
SOFTWARE
설명
DIANA microT v3.0
miRNA의 몇 개의 매개변수를 입력하여 목표가 되는 mRNA을 검색하는데 사용된다
DIANA microT v4.0
Artificial Neural Networks를 기반으로 한 miRNA target 예측 프로그램이다
DIANA mirExTra
6개의 뉴클레오티드 motifs로 단백질로 코딩되는 transcripts에 대한 microRNA의 효과를 분석해 주는 알고리즘이다
DIANA mirPath
인간과 쥐의 miRNA를 빠르고 쉽게 분석하기 위한 필요성을 충족하기 위해 고안 됨
DATABASES
설명
DIANA microT v3.0
miRNA의 몇 개의 매개변수를 입력하여 목표가 되는 mRNA을 검색하는데 사용된다
DIANA microT v4.0
Artificial Neural Networks를 기반으로 한 miRNA target 예측 프로그램이다
DIANA mirExTra
6개의 뉴클레오티드 motifs로 단백질로 코딩되는 transcripts에 대한 microRNA의 효과를 분석해 주는 알고리즘이다
DIANA mirPath
인간과 쥐의 miRNA를 빠르고 쉽게 분석하기 위한 필요성을 충족하기 위해 고안 됨
DATABASES
TarBase v5.0
TarBase database의 업그레이드 버전으로 1300개 이상의 실험에서 얻은 miRNA의 target을 가지고 있다
miRGen 2.0
specific miRNA, specific transcription factor의 이름을 적어서 검색할 수 있다
TarBase database의 업그레이드 버전으로 1300개 이상의 실험에서 얻은 miRNA의 target을 가지고 있다
miRGen 2.0
specific miRNA, specific transcription factor의 이름을 적어서 검색할 수 있다
miRNA의 sequence를 입력해서 miRNA binding sites를 검색하는 기능을 제공
MicroInspector는 비교적 다양한 종에 대한 Data Base를 보여 준다
miRNA binding sites를 검색하는 기능 외에는 제공하지 않는다
포유동물에서 예상되는 miRNA의 target을 검색해 준다
Human, Mouse, Rat, Dog, chicken, Chimpanzee, Rhesus, Cow, Opossum, Frog를 검색할 수 있다.
Data base, Software download는 제공되지 않는다
miRDB는 5가지 종에 대한 Data Base를 보여 준다 : Human, Mouse, Rat, Dog, Chicken
miRNA name, Gene target name으로 검색하는 것과 miRNA sequence를 입력하여 gene target을 검색, 반대로 gene sequence를 입력하여 miRNA를 검색하는 기능이 주어진다
predicted miRNA gene targets에 대한 세부적인 통계 자료와 Data Base 다운로드 제공
NCBI
proteomics에 대한 정보 제공.
blast(Basic Local Alignment Search Tool)
서열의 유사성을 확인할 수 있음.
단백질의 sequence를 검색할 수 있음.
protein 구조를 볼 수 있음.
PubMed : MEDLINE에 대한 정보 및 생체 3차 구조등을 제공함.
MultAlin(Multiple sequence alignment by Florence corpet) : sequence를 검색할 수 있음. enzyme site가 일정치 않으므로 결과간에 약간씩 차이가 있음.
Reverse complement : Antisence를 생성해주는 기능.
genome에 대한 정보를 제공. gene sorter의 기능이 있음.
gene에 대한 각종 정보를 제공함.
miRBase에 관한 정보를 제공함.
Targetscan
mirRNA를 검색 miRNA의 Number of Targets과 [view targets, view expression profile, view in miRBase, view in miRo]를 검색가능.
KEGG: Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes : Pathway에 대한 정보를 제공함.
질병관리본부
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